miRNA主要通过作用于靶基因的3’UTR起作用（降解或抑制翻译），将目的基因3’UTR（野生型和结合位点突变型）序列构建至载体中报告基因F-Luc的3’端，通过比较过表达miRNA后，报告基因表达的改变（萤光素酶的活性下降还是不变），来确定miRNA与靶基因3’UTR的作用位点
。

转录因子主要通过作用于靶基因的启动子起作用，将目的基因启动子区序列替换报告基因F-Luc的启动子，通过共表达转录因子后，报告基因表达的改变，来确定转录因子与靶基因启动子结合位点及对靶基因的作用
。

● 验证miRNA同mRNA靶向互作
。将靶mRNA的3’UTR序列插入报告基因载体，再共转入该miRNA，如果萤光素酶活性下降，则提示为其靶序列
。 

● 验证miRNA同circRNA靶向互作
。将circRNA序列插入报告基因载体中F-Luc的3’UTR区域，检测萤光素酶活性
。 

● 验证miRNA同lncRNA靶向互作
。将lncRNA序列插入报告基因载体中F-Luc的3’UTR区域，检测萤光素酶活性
。

● 启动子活性分析
。将启动子区域序列进行分段截短，再分别构建入报告基因载体，检测其启动子活性
。

● 验证特定转录因子同启动子的作用
。将启动子区域插入报告基因载体，同时在实验细胞中共转该转录因子，分析转录因子过表达是否提高萤光素酶活性
。 

● 分析信号通路是否激活
。将该信号通路的下游响应原件序列构建入报告基因载体，在不同上游信号条件下，萤光素酶活性代表了通路的下游响应
。